Disahkan Undang-undang No. 11 Tahun 2012 tentang Sistem Peradilan anak berimplikasi pada sistem Pemasyarakatan di Indonesia, khususnya dalam fungsi pemasyarakatan terkait perawatan, pelayanan dan pembinaan Anak yang berhadapan dengan Hukum (ABH). Lembaga Pembinaan Khusus Anak (LPKA) merupakan lembaga baru yang menggantikan fungsi Lembaga Pemasyarakatan (Lapas) Anak sebagai tempat pelaksana pembinaan bagi Anak.
Diharapkan perubahan nama ini tak sekedar perubahan nomenklatur atau pembentukan organisasi baru, namun pada perwujudan transformasi penanganan terhadap anak yang berhadapan dengan hukum (ABH), termasuk mengganti kesan hukuman menjadi pendekatan berbasis HAM utamanya tentang budi pekerti, dan yang juga akan dihilangkan kesan angker Lapas yang tak dipungkiri masih melekat hingga sekarang.
Pada pasal 85 disebutkan bahwa anak yang dijatuhi pidana penjara ditempatkan di LPKA dan anak di dalamnya berhak memperoleh pembinaan, pembimbingan, pengawasan, pendampingan, pendidikan dan pelatihan. Bahkan di dalam pasal 104 dijelaskan bahwa setiap Lembaga Pemasyarakatan Anak harus melakukan perubahan sistem menjadi LPKA sesuai dengan undang-undang ini paling lama 3 (tiga) tahun. Dengan demikian, pada Tahun 2018 seluruh Lapas Anak yang ada di Indonesia sudah harus berubah menjadi LPKA sesuai dengan amanat undang-undang tersebut.
Berdasarkan UU No. 11 tahun 2012 tentang Sistem Peradilan Anak (UU SPPA) yang mulai diberlakukan dua tahun setelah tanggal pengundangannya, yaitu 30 Juli 2012 sebagaimana disebut dalam ketentuan penutupnya (Pasal 108 UU SPPA). Artinya UU SPPA ini mulai berlaku sejak 31 Juli 2014.
UU SPPA ini merupakan pengganti dari Undang-undang Nomor 3 Tahun 1997 tentang Pengadilan Anak (UU Pengadilan Anak) yang bertujuan agar dapat terwujud peradilan yang benar-benar menjamin perlindungan kepentingan terbaik terhadap anak yang berhadapan dengan hukum. UU Pengadilan Anak dinilai sudah tidak sesuai lagi dengan kebutuhan hukum dalam masyarakat dan belum secara kompherensif memberikan perlindungan khusus kepada anak yang berhadapan dengan hukum.
Kepala Kantor Wilayah Kemenkumham DKI Jakarta, Dr. Marjoeki mengutip sambutan Menteri Hukum dan HAM pada saat meresmikan Lembaga Pemasyarakatan Klas II Salemba Jakarta menjadi Lembaga Pembinaan Khusus Anak pada hari Rabu, 05 Agustus 2015 dan peresmian Lembaga Pembinaan Khusus Anak Klas II Jakarta diresmikan di Rutan Pondok Bambu pada 8 Juni 2017 dan bersamaan dengan peresmian Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Jakarta dan diresmikan oleh Direktur Jenderal Pemasyarakatan Drs. Wayan Dusak, SH.
Tujuan dari peresmian LPKA Klas II Jakarta adalah pengaturan secara tegas mengenai keadilan restoratif dan diversi yang dimaksudkan untuk menghindari dan menjauhkan anak dari proses peradilan sehingga dapat menghindari stigmatisasi terhadap anak yang berhadapan dengan hukum dan diharapkan anak dapat kembali kedalam lingkungan sosial secara wajar.
Lembaga Pembinaan Khusus Anak Klas II Jakarta mulai beroperasional pada tanggal 30 Januari 2017 yang berlokasi di Gedung Eks. Rutan Salemba sampai dengan akhir tahun 2019. Pada bulan Januari Tahun 2020 Lembaga Pembinaan Khusus Anak Klas II Jakarta berpindah lokasi yang kini beroperasional di Cinere Jakarta Selatan. Gedung yang digunakan LPKA Jakarta ialah gedung Eks. Lapas Terbuka Jakarta dan memiliki total luas bangunan 1723,42 M2.